L’histoire suit Akiyuki, un jeune étudiant dont la vie bascule brutalement. Alors qu’il se rend à l’école avec ses amis, une violente explosion survient et une étrange lumière l’enveloppe. Transformé en une créature mystérieuse nommée « Xam’d », il perd le contrôle et se met à tout ravager sur son passage. Il ne retrouve son calme qu’à l’apparition d’une fille aux cheveux rouges, venue d’un autre lieu, dont la présence semble capable d’apaiser le monstre qu’il est devenu.