Soul Eater suit les aventures de trois apprentis faucheurs d’âmes de l’école Shibusen, un établissement prestigieux où l’on apprend à devenir de véritables maîtres dans l’art de la chasse aux âmes.
Maka Albarn : une élève sérieuse et déterminée, marquée par les conflits entre ses parents, avec un père quelque peu volage.
Black☆Star : dernier héritier du clan des Porteurs d’Étoiles, tristement célèbre pour ses massacres.
Death the Kid : fils de Shinigami-sama, perfectionniste extrême obsédé par la symétrie.
Ces apprentis manient des armes humaines, appelées armes démoniaques, capables de se transformer en armes redoutables. Leur objectif : faire absorber à leurs armes 99 âmes humaines corrompues (Œufs du Grand Dévoreur) et 1 âme de sorcière, afin de les transformer en Death Scythe, la forme la plus puissante des armes démoniaques.
Soul Eater Evans : la faux de Maka, un garçon détendu mais un brin voyeur.
Tsubaki Nakatsukasa : l’arme polyvalente de Black☆Star, capable de prendre plusieurs formes.
Liz et Patty Thompson : les deux pistolets jumelles de Death the Kid, anciennes filles des rues.
Mais atteindre cet objectif n’est pas de tout repos : ennemis puissants, intrigues sombres et dangers imprévus se dressent sur leur route…