Dans un Tokyo submergé par une météo déréglée, Hodaka Morishima, un lycéen en fuite, tente de survivre seul dans l'immensité de la ville. Engagé par un petit éditeur spécialisé dans les phénomènes surnaturels, il découvre l’existence des « prêtresses du temps ». C’est alors qu’il rencontre Hina Amano, une jeune fille lumineuse capable de faire apparaître le soleil d’une simple prière.
Alors que le mystère s’épaissit autour de son pouvoir, Hodaka et Hina se retrouvent liés par un destin fragile, entre amour naissant et bouleversements climatiques. Mais faire briller le ciel a un prix…