Dans un monde post-apocalyptique ravagé par les Aragami, de redoutables créatures démoniaques ayant presque anéanti l’humanité, un groupe pharmaceutique met au point une arme organique révolutionnaire : les Jinki. Ces armes vivantes, capables de se nourrir de la puissance des Aragami, fusionnent avec certains humains pour devenir la seule force capable de les détruire. L’organisation Fenrir rassemble ces combattants d’élite et les envoie en mission pour protéger ce qu’il reste de l’humanité face à la menace grandissante.