Une étrange rumeur court dans les écoles du Japon : dans les toilettes des filles, au troisième étage d’un vieux bâtiment, une certaine Hanako-san exaucerait les souhaits de ceux qui l’invoquent. À l’Académie Kamome, ce mythe prend une toute autre tournure. Nene Yashiro, une lycéenne passionnée par l’occulte, décide de vérifier la légende par elle-même… mais découvre que Hanako n’est pas une fille, et qu’il fait partie des sept mystères surnaturels de l’école. Dès lors, elle plonge dans un monde invisible aux yeux des autres, où les esprits rôdent et les rumeurs prennent vie après la sonnerie de fin de cours.